聚丙烯酰胺絮凝剂在废水处理中的絮凝效果主要是由于其长链(线性)分子结构和含有大量活性基团的聚丙烯酰胺分子两个特点。聚丙烯酰胺是一种直链聚合物，因为每个分子都由100，000多个单体聚合而成，并且分子链很长。如果矫直，它的长度是普通分子(如蔗糖)或离子(如Ca2+)的数万倍。 　　因为它的分子又长又薄，它们弯曲或卷曲成不规则的弯曲形状。长链延伸到许多化学活性基团的外部：-conh2和羧基-coo。酰胺是非离子基团，但它们也善于形成价键，吸附和连接其他物质的活性基团。由于聚丙烯酰胺分子长而薄，具有许多化学活性基团，因此它们可以通过与沉淀颗粒形成大量的连接而形成较大的絮体。 　　这些絮体的结构与棉毛一样松散无定形，疏松无定形，但不太。絮凝剂的内部络，含有大量的液体，因此絮凝剂的比重与液体本身相当接近。絮凝过程中还存在多种颗粒，将不同组分、不同性质、不同粒径的颗粒聚集在一起。 　　因此，好的絮凝剂处理可以去除溶液中的原始颗粒，使溶液显得清晰、和光亮。由于絮凝粒径大，沉淀和过滤速度快。聚丙烯酰胺絮凝剂和胶体在废水中的絮凝作用络产生的。根据上述机理，分子量大、分子长的聚丙烯酰胺能吸附更多的颗粒，络，絮凝效果较好。